سمى المسجد بهذا اﻷسم نسبة الى الشيخ محمد دانيال الموصلى أحد شيوخ المذهب الشافعى وهو أحد العارفين بالله وكان قد قدم إلى مدينة الاسكندرية فى نهاية القرن الثامن الهجرى وأتخذ من مدينة الإسكندرية مكانا لتدريس اصول الدين وعلم الفرائض على نهج الشافعية وظل بمدينة الاسكندرية حتى وفاتة عام 810ه
بني مسجد النبي دانيال في الإسكندرية عام 1790 ميلاديًا، في وقت كانت الإسكندرية فيه تحتوي على حيين فقط هما رأس التين والجمرك. أما باقي الإسكندرية فكانت عبارة عن صحراء من الرمال يتخللها مزارع خضراء كثيفة أو بحيرات شاسعة الإتساع.
يعتبر المسجد من أقدم مساجد مصر، وجدرانه مزينة بالزخارف الإسلامية القديمة، وهو مزار للعديد من السائحين خاصة الآسيويين الذين يحرصون على زيارة الضريح الموجود أسفل المسجد الذي يقال إنه للنبي دانيال
ويقع جامع النبي دانيال في الشارع المعروف باسمه شارع النبى دانيال