يشغل المسجد مساحة مستطيلة وهو من المساجد المعلقة له واجهتين الواجهة الرئيسية شمالية شرقية والواجهة الفرعية شمالية غربية ومن الداخل يتوصل إلي بيت الصلاه عن طريق سلم بجناحين ويتكون من بيت الصلاه - المحراب – المنبر – الشخشيخة
يقع مسجد علي بك جنينة بحارة البلقطرية بشارع " علي جنينة " و حدود المسجد من الجهة الشمالية الغربية شارع علي بك جنينة ويتخلله عدة محلات وبيوت الجهة الجنوبية الغربية حارة الصاغة والشارع الرئيسي المؤدي لشارع علي بك جنينه شارع السكة الجديدة