سمى المسجد بهذا اﻷسم نسبة الى الشيخ خضر الانصارى وهو من اولياء الله الصالحين وهو شقيق لجابر بن عبداللة الانصارى و ينتمون للطرق الصوفية وهم فى اﻷصل من بلاد الأندلس وسافرا إلى المغرب ثم ليبيا وأخيراً مصر ودرسا فيها وقررا السفر إلى اﻷسكندرية لأنها كانت تتضم فى ذلك الوقت كبار علماء الصوفية مثل الشيخ أبى العباس المرسى، وأبوالدراء
كان الشيخ خضر الانصارى والشيخ جابر الانصارى شيخان وعالمان وراعيان صالحان ، أحبوهم الناس ومع الوقت زاد أعداد أتباعهم
كان الشيخ خضر الانصارى له أثر طيب على نفوس طلابه وأشتهر بحب الدين والسماحه ومع الوقت تحول ضريحه لمزار يأتى ألية العديد من محبية للتبارك به. يقع المسجد بشارع فرنسا بالمنشية
