يضم المتحف لقى أثرية تقدر بحوالي 1079 قطعة، اختيرت هذه القطع من مناطق مختلفة من الفيوم والمنيا والأقصر، ومن متاحف مختلفة كالمتحف اليوناني-الروماني بالإسكندرية ، المتحف المصري والقبطي والإسلامي بالقاهرة
تضم هذه اللقى مجموعة أثرية مميزة منها منحوتات لفتيات تدرسن داخل مكتبة الإسكندرية القديمة، وكذا حامل للكتاب المقدس من العصر القبطي، ومشكاة ترجع لعصر المماليك، تحديدًا عهد السلطان الناصر حسن بالإضافة إلى مجموعة كبيرة من البردي الذي يحمل دلالات هامة في مجالات مختلفة، كذلك ينفرد المتحف بوجود مجموعتين من أندر المجموعات الأثرية ـ المجموعة الأولى : مجموعة الآثار المكتشفة أثناء حفر أساسات المكتبة .(1993- 1995) المجموعة الثانية : مجموعة الآثار الغارقة والتي اكتشفت حديثًا بالإسكندرية في الميناء الشرقي. وتم تجهيز المتحف بأحدث وسائل العرض وتأمينه ضد الأخطار مثل الحرائق والسرقات، مع استخدام أساليب الإضاءة التي تخدم أسلوب العرض المتحفي، ويقوم المتحف بتقديم برنامج تعليمي للنشأ (التربية المتحفية) لتنمية الوعي الأثري لديهم
-----------